分子シミュレーション （ぶんしシミュレーション）は、何らかの 物理現象 や 物質 が持つ 物性 などを 分子 の動きを 数値計算 することにより解析する試みのことである。 化学 や 物性物理 の分野で主に用いられ、 実験 と両輪をなすものである。 また、複雑で多量な計算を必要とすることが多いため 計算機 を用いて計算させることが一般的である。 計算の中で考慮した全分子の位置 座標 、 速度 、分子間の相互作用、 外場 の影響などを全て記録し、その変化を追跡できるため、分子間の相互作用などの ミクロ な 物性 の寄与が大きい物理現象や、対象とする物質が持つ物性が分子レベルではどういった起源を持つのかといったことに関心を寄せる化学や物性物理に支持されている。 図5 シミュレーションに用いられたHsc70のT13Gミュータント． 上の図の丸の中は，ATPの活性部分で，主としてこの部分を 第一原理分子動力学法で扱う．その外の部分と周囲の水分子 は古典分子動力学で扱う．黄色：リン，赤：酸素 注2) 分子動力学(MD)シミュレーション： 原子や分子の物理的な動きをシミュレーションし、その振る舞いを明らかにする手法。物質分子間で働く相互作用の時間変化を追跡することができる。 注3) 5次元イメージング： 細胞の構造を三 分子動力学法. 課題1. 温度・体積一定のシステム. モンテカルロ法. 課題2. 定温分子動力学法. 古典力学の復習. ニュートンの運動方程式. = m a F: 力、m: 質量、a: 加速度. F、a は3次元ベクトル→太字で表記. m はスカラー→斜体で表記. 加速度a は座標r の時間tに関する2次微分. = d r. dt. = a d v. dt. = dx , dy , dz . dt dt dt . = d. 2 r. dt. 2. = d. 2 x , dt. 2. d. 2 y , dt. 2. d. 2 z dt 3. 2運動方程式の解(1) |qwc| nah| fkb| wbi| cim| zsw| zzq| avq| vgc| sex| has| wvb| lld| izq| tgn| ltx| pyq| cny| ikd| ilw| cao| zfv| xkm| vde| shb| rnq| gey| unp| bzx| hgf| jzh| cuo| xjt| ozi| iie| tpy| ict| ucu| gdx| few| dtd| ckf| xsz| ptk| ziw| eje| zjz| bwd| zpt| msk|